将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织FootClan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！

这是一部经典的美国的动画片。一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特也因为接触到这些物质而变成了一只人形的老鼠。海龟们拜斯普林特为师傅，学习忍术和功夫，并在电视台记者范宝儿和爱玛的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的克朗和他爪牙施莱德展开了一场又一场斗争。

一支由四名外星人组成的小队逃离了爆炸的家园，却坠毁在美国郊区一栋随时可以入住的房子里。他们对地球是可怕还是美好的看法不一。科尔沃（贾斯汀·罗兰饰）和尤米拉克（肖恩·吉布朗尼饰）只看到污染、粗俗的消费主义和人类的弱点，而特里（托马斯·米德蒂奇饰）和杰西（玛丽·麦克饰）则喜欢人类以及他们所有的电视、垃圾食品和有趣的东西。他们的使命是保护 Pupa，这是一台活着的超级计算机，有一天它会进化成真正的形态，吞噬他们并改造地球。

Spooky stuff is afoot when the Spirit of Halloween starts to take over Korvo's life.